在炼金术高度发达的世界，天才兄弟爱德华和阿尔冯斯因思念逝去的母亲，进行了人类最大的禁忌——人体炼成。失败导致爱德华失去左腿，阿尔冯斯失去整个身体，爱德华以右臂为代价将弟弟的灵魂固定在盔甲中。为了找回失去的一切，兄弟俩踏上寻找“贤者之石”的旅程。然而他们逐渐发现，贤者之石背后是无数活人的牺牲。故事深入探讨了“等价交换”的残酷真相，以及为了复活一个人，需要付出多少个“他人”的生命作为代价。
相比09版，03版更侧重于黑暗宿命论和哲学思辨。后期动画原创的剧情虽然备受争议，但将人造人塑造得极其悲情。
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前作中幸存的老警察与牺牲战友的儿子组成临时搭档，深入金三角，追捕杀害全家的毒枭。
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两个年过六旬、体态发福的老友，试图重装徒步全美最险峻的阿巴拉契亚小径。
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80岁的台湾老兵与20岁的移工看护，在一间即将被拆迁的眷村老屋里，用盐防腐，用樟脑防虫，试图保存彼此。
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三十年前五个抓青蛙的孩子失踪，如今一名纪录片导演收到了当年的求救录音带。
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尘肺病人老周从城市回到贵州老家，发现整村人都因开采铝矿得了同一种病，而矿老板就是捐款建希望小学的慈善家。
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失意的游泳运动员在深夜的泳池里救起了一个自称是“出水美人”的神秘女孩。